Začiatky anime siahajú do doby tesne po vzniku veľkých amerických štúdii ako Walt Disney studios. Vyvíjalo sa však pomalšie, čo bolo dané hlavne japonským konzervativizmom a teda neochotou experimentovať s novým druhom umenia.

Hlavný rozmach nastal po druhej svetovej vojne a spája sa hlavne s menom továrenského robotníka Osamu Tezuka. V roku 1947 prišiel s kresleným románom Šin takaradžima a v roku 1963 potom s medzinárodne presláveným animovaným seriálom Tecuwan Atom, v zahraničí známym ako Astro Boy. V týchto dvoch dielach vyvinul nový štýl ako animácie, tak aj príbehu, oboje odlišné od západných štúdii (v animácii je to hlavne použitie veľkých hláv, očí a tvári, ktoré vyjadrujú veľkú škálu emócií; v príbehu potom rozvoj postáv dovtedy známy len v hraných seriáloch – postavy starnú a podobne).

V 70. rokoch sa anime ďalej prudko rozvíja a vytvára si svoje jedinečné prvky. Jedným z nich je objavenie mecha (obrovských bojových robotov) v seriáloch – najznámejší seriál je Mazinger Z. V tejto dobe sa tiež prehlbuje charakterizácia postáv (kladní hrdinovia so zápornými vlastnosťami). Najznámejším seriálom, ktorý spájal tieto dva prvky je Mobile Suit Gundam.

V 80. a 90. rokoch vznikajú mnohé dodnes známe seriály, z ktorých niektoré vychádzajú dodnes. Známe sú Ramna 1/2 či Inuyasha alebo Dragon Ball. V tejto dobe vznikli aj dva filmy považované za míľniky žánru. V roku 1988 vyšiel apokalyptický film Akira o motocyklovom gangu v zničenom Tokiu a boji vlády proti hnutiam odporu. Masamune Širó vydal v roku 1995 kultový film z kyberpunkového prostredia Ghost In The Shell, akčno-filozofický príbeh o prenasledovaní hackera menom Puppet Master, umelej inteligencii a otázke, kde v dobe rozvinutej techniky končí človek a začína stroj.

V dnešnej dobe anime pokračuje v rozvoji, každodenne vychádzajú nové diely, seriály sa dostávajú na DVD, existuje dokonca Oscarom ocenený film Cesta do fantázie.