Light Yagami je výborný študent s dokonalým prospechom, ktorý patrí medzi japonskú elitu. Jedného dňa nájde čírou náhodou zápisník - Death Note (zápisník smrti). Zápisnik má jediné využitie - Človek, ktorého meno, je nápisané v tomto zápisníku, zomrie. Light sa rozhodne, že stvorí dokonalý svet bez zločinu, a aby toho dosiahol, začne s masovým zabíjaním všetkých veľkých zločincov pod pseudonymom Kira. Pár dní po nájdení zápisníku za ním príde shinigami (boh smrti) Ryuk - majiteľ zápisníka, ktorý mu vesvetlí svoje dôvody, pre ktoré nechal Death Note vo svete ľudí a povie mu, že ak si myslí, že zabíjanie ľudí urobí svet spravodlivím, tak on sám je ten prvý, koho meno by tam mal napísať. Light však nezostal len pri zabíjaní zločincov. Pôjde po ňom celá japonská polícia a on bude musieť prinášať aj obete z radov nevinných ľudí, a bude ich veľa.
Po Lightovi nebude pátrať len polícia. Do vyšetrovania sa zapojí aj geniálny detektív, známy pod prezývkou L. L nekdy nikto nevidel, ale všetci vedia, že existuje a rieši len tie najväčšie záhady. Po tom čo L zistí, že Kira je japonský študent, prichádza do Japonska a stretáva sa tvárou v tvár so svojím úhlavným nepriateľom, pričom ani jeden z nich nepozná totožnosť toho druhého. Tu začína obrovská bitka dvoch géniov na poli inteligencie, dedukcie, logiky a intríg, kde na jednej strane stojí bezcitný majiteľ najničivejšej zbrane ľudsva, ktorý si myslí, že zabíjať zločincov je správne a na druhej strane tajomný vyšetrovateľ, ktorý vyznáva úplne opačnú filozofiu. Kto vyhrá?